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基因家族分析之获取全部cDNA碱基序列构建进化树- 实验方法- 丁香通

参考序列和GFF文件均可从此处下载，其他物种类似。 2.Ensembl. 同NCBI一样，可通过网页检索下载，也可通过ftp直接下载。 （1）官网下载： 或者通过进入download下载。 微生物或原生生物的下载 ，如幽门螺杆菌： 或者直接从这里进入：http://bacteria.ensembl.org/index.html. http://bacteria.ensembl.org/species.html output format: GTF - gene transfer format. output file: enter a file name to save your results to a file, or leave blank to display results in the browser. 3. Click 'get output'. 现在重点来了，搞清楚版本关系了，就要下载呀！. UCSC里面下载非常方便，只需要根据基因组简称来拼接url即可：. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz. http://hgdownload.cse.ucsc. 下载Ensemble的gtf文件，根据gtf文件最后一列的“gene_biotype”来确定基因的类型。分类说明：下载之后可以根据gtf文件提取每个基因的基因类型，“gene_biotype”说明可以参考网站的说明。 以后再也不用担心各种基因组版本混乱了，我还特意把所有的下载链接都找到了，可以下载任意版本基因组的基因fasta文件，gtf注释文件等等！ 首先是NCBI对应UCSC，对应ENSEMBL数据库：

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3) output file输入文件名, refGene.gtf.gz. 4) 点击get output. 2. Ensembl GTF文件路径. 在linux环境下直接通过ftp下载即可. 作为Tophat输入之前,  包括：参考序列（FASTA）、注释信息（GTF）、转录本序列（FASTA）、 2、如果需要下载植物相关的数据，点击主页下方的“Ensembl Plants” 链接进行切换。 TCGA数据下载TCGA数据下载的方式有很多，本次我们利用UCSC Xena数据库下载数据，网址 小工具等，这里我们通过下载最新版的GTF文件来进行转换。 首先，打开ensembl网址：http://asia.ensembl.org/index.html. GTF文件的全称是gene transfer format，主要是对染色体上的基因进行标注。怎么理解 GTF文件我一般喜欢去ensembl下载，gencode也可以。 GRCh37 hg19 ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75 GRCh38 hg38 进入下载hg38GTF注释文件 hg38GTF 关于基因组注释文件GTF的解释 进入Ensembl 数据库主页； 点击fasta，进入ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-83/fasta/ 的索引页面，会 点击后缀为gtf.gz 文件包下载即可。 如果需要下载的文件很大（如RNA-seq的read数据或者甲基化数据），应该把 直接从GTF文件里获得的Ensembl IDs末尾带有版本号，我们需要将其去掉以转换为 

10x Cellranger

The unmapped gene annotation can be found here (gtf, gff3) GTF GFF3: Basic gene annotation: CHR: It contains the basic gene annotation on the reference chromosomes only; This is a subset of the corresponding comprehensive annotation, including only those transcripts tagged as 'basic' in every gene; GTF GFF3: Long non-coding RNA gene annotation: CHR 下载Ensemble的gtf文件，根据gtf文件最后一列的“gene_biotype”来确定基因的类型。分类说明：下载之后可以根据gtf文件提取每个基因的基因类型，“gene_biotype”说明可以参考网站的说明。 (责任编辑：乐伟 微信：18520221056)

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GTF格式的refGene如何在Ensembl及UCSC下载_Mars-Zhan_

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FTP 地址 ： ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_gtf. 同样以Human (Homo_sapiens)为下载为例：. wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.90.gtf.gz （hg38）. wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz （hg19）. 登陆Ensembl网站，并跳转到hg19版本界面 （图3.2-1） 2. 继续选择跳转到hg19版本界面（图3.2-2） 3. 在hg19版本的Ensembl界面中选择download（图3.2-3） 4. 在download页面中选择Download a sequence or region （图3.2-4） 5. 在左边栏选择 FTP download 然后选择下载 GTF文件（图3.2-5） 6. 选择注释好的GTF进行下载（图3.2-6）. 图3.2-1 登陆Ensembl网站，并跳转到hg19版本界面. 图3.2-2 继续选择跳转到hg19版本界面 文章目录NCBIEnsemblUCSCGeneCodeNCBINcbi 里包含现在最全的参考基因组数据，可以进入FTP站点查看：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/这里的文件夹名为物种的拉丁名，这里以 Human(Homo_sapiens) 为例，下载方法如下：wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sa 5.基因注释文件gff和gtf文件的下载： 在上一步的基础上继续点击两次转到高层目录：可以看到gff和gtf目录，点击进入到自己想要的物种下载对应的文件即可： GTF格式的refGene如何在Ensembl及UCSC下载. 1. 从UCSC genome browser中下载GTF格式的refGene, 方法如下: 1) 进入 http://genome.ucsc.edu/. 2) clade选Mammal, genome选Human 首先下载猪的参考基因组和注释文件 我是在ensembl上下载的，链接地址ftp://ftp.ensembl.org/pub/ 选择最先版本 参考基因组下载：wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-90/fasta/sus_scrofa/dna/Sus_scrofa.Sscrofa11.1.dna.toplevel.fa.gz 注释文件下载：wget ensembl是通过ftp协议可以下载的，ftp是个什么协议，算了你不要管了，大概就是一个网盘，然后每个文件都有自己的链接，你可以通过wget+链接的命令直接下载（其实就是省去了右键--复制链接地址--打开迅雷粘贴地址--开始下载的步骤）。

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你随便下载其中一个，就能看到每个样本都是走流程拿到10x单细胞转录组数据的3个文件 Answer: The STAR output logs are not preserved by cellranger count. gtf是cellranger用的gtf文件. 0, annotation built from Ensembl Mus_musculus. (0) 转录组入门（2）下载数据因为是菜鸟，本次学习基本上都是参考群主以及群里各位大神的代码 如何只根据fastq文件确定RNA-seq的建库方法和链特异 如何从UCSC数据库中得到GTF注释文件？,[转载]snpEff的使用方法,windows下使用vnc is to align 50 bp single-end HiSeq reads to the Ensembl 96 human reference. UCSC Xena数据下载页面#所以我们在得到表达数据后，通过gene Symbol识别某 Gencode GTF and Ensembl GTF files can be manipulated to this format using the 新建空项目增加cu文件，cuda给的sample一直跑不起来，显示MSB3721， 

推荐从ENSEMBL上面下载成套的参考基因组fa及基因注释GTF文件. dir='~/data/project/release1/Genomes/'. ## 这个文件有1.4G哦！！！ gtf <- file.path(dir 

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